Les contribuables soumis à l’obligation de tenir une comptabilité au moyen d’un système informatisé sont concernés par l'obligation de présenter une comptabilité informatisée en cas de contrôle fiscal (article L 47 A du LPF).
Leurs obligations de conservation et de présentation des documents comptables de nature à justifier l'exactitude des résultats déclarés sont définies par application combinée des dispositions de l'article L 102 B du LPF et de l'article 54 du CGI.
Or, en application de l'article L 47 A, I du LPF, le contribuable qui fait l'objet d'une vérification de comptabilité doit satisfaire à l'obligation de présentation des documents comptables en remettant au début des opérations de contrôle le FEC, une copie des fichiers des écritures comptables sous forme dématérialisée répondant à des normes fixées par arrêté.
Comme dans le cadre du contrôle des comptabilités « papier », les constatations effectuées sur place lors du contrôle peuvent conduire à considérer que la comptabilité informatisée est irrégulière et/ou non probante (BOI-CF-IOR-60-40-30 n° 380). Le n° 400 du bofip précité offre des exemples de ces situations, notamment :
- la présentation sous des formats non recevables des documents comptables et pièces justificatives
- le défaut de validation des écritures comptables ou des pièces justificatives
- le défaut de clôture des exercices comptables
- le défaut de traçabilité
- l'absence de chronologie dans les enregistrements
- l'absence de permanence du chemin de révision
- l'insuffisance des données archivées : échantillons de données ou uniquement données agrégées (centralisation mensuelle par exemple)
Selon le cas et la gravité des manquements constatés, ces défauts de présentation sont susceptibles d’entrainer le rejet de la valeur probante et sincère de la comptabilité informatisée présentée. Les mêmes sanctions que dans le cas d’une comptabilité « papier » seront applicables, notamment l’évaluation d’office prévue à l’article L74 du LPF et la reconstitution du chiffre d'affaires de l’entreprise.
Cette reconstitution peut être réalisée au moyen des méthodes connues (calcul de coefficient, comptabilité matière, méthode statistique, par exemple). S’il existe des données conservées et pertinentes, elles peuvent néanmoins être exploitées afin de motiver et justifier la reconstitution réalisée.
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